生物制药是把生物工程技术运用到药物制造领域，以各种生物为起始材料，采用生物学工艺及分离纯化技术制造出生物药品的工艺过程。

现在的生物制药工业已经不是单纯的由天然的微生物进行发酵的传统微生物制药，而是包括天然微生物和人工构建的“基因工程菌”以及动植物组织细胞的培养和提取、微生物或生物酶催化的生物转化、微生物疫苗等多种类的制药工业体系。

尽管提供生物药物的生物资源包括微生物、海洋生物以及动物、植物的组织、器官、细胞，但是应用微生物发酵与动、植物细胞培养技术是获得生物药物的主要途径。

传统的发酵工艺，也就是利用微生物发酵生产生物药物的工艺，通常人为地将生产过程分为菌种培养、发酵、提取、纯化四个阶段，形成了与之对应的四个生产岗位，也就是菌种岗位、发酵岗位、提取岗位和纯化岗位。

这里所说的微生物，可以是自然界存在的微生物，但主要是利用辐照或化学诱变等传统方法改良的微生物和基因工程的方法构建的微生物。

在上述的四个岗位中，菌种岗位负责菌种的保藏、转接、培养，为发酵提供足量的、合格的菌种；而发酵岗位进一步扩大培养规模，并且通过培养条件的控制使微生物进行代谢产物，也就是目的物的生产；提取岗位根据目的物与培养体系中的其它成分在物理、化学或生物学特性上的区别，将目的物从复杂的生物体系中转移到特定的人工液相体系，比如水、缓冲液、稀盐溶液或有机溶剂中；纯化岗位通过更精细、更有针对性的方法或技术将提取液中的目的物与其他成分分离开来，从而提高目的物的纯度，使它达到一定的质量标准。当然各个岗位之间并不一定有明显的界限。

利用动、植物细胞培养技术获得生物药物的主要途径与此类似，构建的细胞也需经过冻存、复苏、扩大培养然后产生目的物，并通过提取和纯化来使目的物达到一定的质量标准。