第五节 细胞功能基因组学研究技术

现代细胞生物学强调在基因与蛋白质等分子水平上理解细胞的功能基因表达水平的变化与细胞行为的变化密切相关。提高或降低某一基因在细胞内的表达、观察与之相应的细胞行为的变化,是确定基因功能的主要方法在人类基因组计划获得的理论和技术突破的推动下细胞生物学研究已经能够在全基因组的水半考察细胞功能和特性的变化进入了功能基因组学时代。
一、基因表达的定量分析
基因功能性产物(包括蛋白、RNA分子)含量的变化是真核细胞心其是哺乳动物细胞因表达调控的主要方面定量地确定基因表达水平的变化、是现代细胞分子生物学研究的基本要求。
(一)ED迹杂交技木是定量检辺基因表达变化的基本方法
20世纪80年代后相继建立了能够定量检测RNA和蛋白质分子的 Northern、 Western I印迹分析技术( blotting)其基本过程都包括:电泳分离待检测分子,将待检测分子转移到可方便操作的硝酸纤维素膜或PNDF膜上,然后将带有报告基团的探针(或抗体)与膜杂交(或孵育),最后通过同位素或化学发光试剂显示目的分子的条带,通过条带的深浅可判断目的分子的含量和分子量大小。
Northern印迹分析是检测组织或细胞中特异性mRNA的方法。它以带有放射性或非放射性物质标记的单链cDNA、RNA片段或寡核苷酸为探针,检测RNA分子,不仅能够定量检测基因表达水平(mRNA)的变化,而且能够提供基因不同转录本的转录长度信息。对小的RNA分子,如长度约20nt的 MIR NA分子, Northern印迹分析也能有效地检測。在进行检测时,首先从组织或细胞中提取总RNA或mRNA,在琼脂糖凝胶电泳之前需要对RNA样品进行变性处理,以破坏RNA分子于中的局部双螺旋结构,使整个RNA分子呈单链(便于分子杂交)。常用变性剂为甲醛或皮二醛。
Western印迹分析检測的是蛋白质分子,它是在蛋白质水平定量检测基因表达改变的主要方法。首先将经细胞裂解而获得的蛋白质样品进行SDS-PAGE分离,然后依次经过印记、抗体育和显示蛋白质条带等步骤。 Western印迹分析以抗体分子作为检测分子,不仅能够识别细地中不同种类的蛋自分子,而且能够识别同一种蛋白分子的不同修饰方式,如磷酸化、甲基化、泛素化等,是考察蛋白质含量、大小和活性状态的重要方法。
甲迹分析是低通量的检测技术,步骤较繁琐,花费时间长。但印迹分析检测不需昂贵设备,结果准确,少有假象,也常被用于验证生物芯片等高通量研究方法获得的结果。
(二)原位杂交可提供基因表达的时空信息
组织细胞中基因的表达不仅存在量的差异,而且还存在表达时间和空间的变化。核酸原位杂交技术( in situ hybridization,ISH)是在RNA水平检测这些変化的基本方法。原位杂交以短的单链cDNA、RNA片段或寡核苷酸为探针,将探针与经过固定并提高了通透性的细胞、组织切片或胚胎进行杂交,以荧光分子或显色酶为报告基团,显示特定RNA(mRNA)分子在组织或细胞内分布,通过荧光信号或显色的强弱可以判断含量的変化。原位杂交没有组织和细胞的裂解步骤,并通过固定的方法将RNA分子保持在组织和细胞内的原位,因此展示细胞和组织内特定基因表达的时间和空间变化。
(三)荧光实时定重PCR技术是检测基因表达变化的常规方法
聚合链式反应( polymerase chain react,PCR)能够在体外对特定DNA序列进行重复性复制(扩增)其反应体系包括:模板DNA、耐热的DNA聚合酶、引物、4种脱氧核苷酸(dNTP)及适当的反应缓冲液。PCR反应一般分为变性、退火、延伸三步骤进行:首先在95℃进行DNA双链解离;然后在50-65℃之间进行引物与DNA链的互补结合,即退火;最后在72℃由耐热DNA聚合合成与模板互补的新的DNA链。此三步骤重复20-30个循环即可完成扩增反应。
普通PCR反应可以对目的DNA片段进行高效地克隆,能够非常灵敏地检测目的DNA片段。但由于PCR高效的指数扩増过程,在扩増结束后不同含量的初始模板都其有儿乎相同量的终产物,因此不能对初始模板进行定量。荧光实时定量PCR( fluorescence real- time (uantitativePCR,qPCR)技术在PCR反应体系中加入与DNA双链结合后能够发出光的炭光染料,或能够与靶序列结合并带有荧光报告基闭的探针。在PC.R反应过程中,每次反应循环后,都会检测反应管中的光強度。以反应管中荧光强度达到阈值时所需的PC.R反应循环个数(Cp值),表示模板中目的片段的初始含量。由于是在PCR反应进行过程中的检测,而不是在PCR反应结東时的终点檢测,因此荧光实时定量PCR技术能够进行目的DNA片段的定量分。
在检測组织细胞中基因表达时,首先需要将分离提取的RNA(mRNA)反转录( reverse trancription)为cDNA,然后再行荧光实时定量PCR。因之,qPCR也常称为荧光实时定量RT-PCR,是检测基因表达改变的简便方法。

