百日维新是一场涉及到社会体制、政治制度的深刻变革，掌握最高实权的慈禧太后对变法的态度极为重要。过去史学界一直视慈禧为顽固势力的代表，是坚决反对变法的，这未免有些绝对。其实甲午战败后，面对日益严重的政治危机和汹涌澎湃的变法救亡浪潮，朝廷中许多大臣也纷纷上书要求改革。在此情势下，太后不得不同意在她允许的范围内作一些改革。如果没有慈禧的首肯，光绪是不可能完成“百日维新”的。当然，太后对变法的内容有保留:即“不改祖制”，太后的君权地位不能变，满族的风俗不能变。

光绪与慈禧的分歧主要表现在裁减冗员闲衙、罢斥旧臣和改革政治制度上。慈禧虽然反对裁潜运，但并不反对裁湖广、云南、广东三省巡抚及各处重叠之机构，可见她并不完全反对变法。政变的直接动因与其说是政见之争，不如说是她觉察到变法威胁到她的权威以及康有为等人“围园执后”举兵夺权的计划。与历代帝王一样，慈禧把维护个人的绝对权威和享受放在第一位。礼部主事王照曾说:“戊戌政变，外人或误会慈禧反对变法，其实慈禧只知权利，绝无政见，纯为家务之事。”康有为在政变后也认为:“西太后与光绪之间的冲突，并未涉及政见的不同”，“似乎主要是为了争政权”。果真如此的话，那么维新派对慈禧“奉之以主张变法之名，使得公然出头”，利用慈禧在旧臣中的影响推行新政，则可减小阻力。但是，光绪、康梁等没有这样做，而是想摆脱太后的控制，甚至“围园执后”，最终逼使太后发动政变，重新“训政”。

至于张之洞、李鸿章等洋务派，他们主张温和的改革路线，维新派对之可以求同存异，争取他们站到自己一边。而军机大臣中的大多数除了反对开制度局和惫勤殿外，对其他新政措施都不同程度地赞成。如果维新派权衡利弊，暂缓开制度局和憋勤殿，暂不触及他们权位的根本利益，争取多数人的支持，先进行经济文化教育的改革，待时机成熟再逐步进行政治体制的改革，先易后难，循序渐进，则维新可能不仅仅只是“百日”。但是变法领导人却急于求成，对统治阶级各阶层各派别不加区别全面打击，大裁大撤，要求对守旧大臣连罢带杀，追究李鸿章的卖国责任，对所裁人员未给予适当出路。

这样就使得原来互有矛盾、存在分歧的各阶层各派别很自然地连成一体，纠集在太后周围，公开反对变法。变法领导人没有利用矛盾，求同存异，分化瓦解封建阵营，而是全面出击，四面树敌，把可能的同盟者都推向对立面，其结果是孤立了自己。