1.课前准备

(1) 熟悉课程教学大纲，对课程的讲授内容和方式有较好的理解；

(2) 加强课程的网络资源库建设；

(3) 收集本次教学活动中拟采用的案例。

1.1课外学习评价

针对上次要求巩固、拓展的学习内容，掌握蛋白质组学的基本概念、基本研究内容、应用进展；蛋白质双向电泳、质谱鉴定、定量蛋白质学研究技术，蛋白质相互作用研究技术。对要求课前预习的内容进行预习。

1.2教学方案设计

(1) 回顾上次课程的主要内容；

(2) 本次课程的重点和难点：系统发育模型的组成、建立与分析，分子进化树的构建；构建进化树的原理和算法；

(3) 教学手段主要是借助PPT和讲义完成教学内容；

(4) 教学过程中结合学生情况举出一些案例；

(5) 通过课程论文和课堂讨论来检查教学目标的完成情况。

2.课内教学

2.1教学内容

主要教学内容有：

(1)分子系统发育概述；

(2)生物进化的分子基础

(3)系统发育树基础/系统发育模型的组成、建立与分析

(4)系统发育树的构建方法/建立分子进化树的方法与评估

(5)系统发育分析流程及软件(MEGA,PAUP*, PHYLIP和Treeview等)

(6)进化树构建实例

对于基本概念性的问题以讲授为主，对于基本技能方面的可以通过学生讨论的方式进行，要求学生达到举一反三的目的。

主要包含的知识点有：（1）系统发育模型的组成；(2)系统发育数据分析的一般步骤；(3)建立数据模型（比对）；(4)距离矩阵法(UPGMA,NJ)；(5)最简约法；(6)极似然法；(7)进化树搜索；(8)确定树根；(9)评估进化树和数据；(10)系统发育软件(MEGA2, PAUP*, MACCLADE, PHYLIP)。

   了解分子系统学（或分子进化）的有关概念和理论，理解系统发言模型建立的原理和方法，熟悉分子进化树的建立、分析，熟练掌握一种以上的系统发育分析软件的使用。

2.2 教学方法：

讲授+启发式+讨论式

2.3 课内小结：

通过本章学习，使学生能够掌握系统发育模型的组成、建立与分析，分子进化树的构建；构建进化树的原理和算法。对课堂上积极回答问题的学生提出表扬，最后要求学生预习下次课的主要内容。

3.课后巩固与拓展

(1) 将本章的知识点自己编成测试题，记在笔记本中；

(2)预习下节课的主要内容；

(3)查阅学习相关的文献资料。

4.单元（章）考核与评价

本章内容的考核方式为提交课程作业/课下复习本章节知识要点/预习下一章节学习内容，使学生掌握系统发育模型的组成、建立与分析，分子进化树的构建；构建进化树的原理和算法。

本章内容的评价权重为7%，过程评价促进学生学习积极主动性的提高，增强学生自主学习能力。其中课后习题、在线考核占4%，期末考试测试占3%。

考核方式与权重比例列表