生物信息学

仇书兴

目录

  • 1 《生物信息学》教学大纲
    • 1.1 课程概述
  • 2 第一章 生物信息学绪论
    • 2.1 绪论
  • 3 第二章  生物资源数据库
    • 3.1 生物资源数据库
  • 4 第三章  数据库检索
    • 4.1 数据库检索
  • 5 第四章  序列比对
    • 5.1 第一节  双序列比对
      • 5.1.1 第二节 多序列比对
        • 5.1.1.1 第三节 数据检索及序列比对实际应用
  • 6 第五章  核酸序列分析
    • 6.1 第一节 核酸序列基本信息分析
      • 6.1.1 第二节 基因组序列注释分析
        • 6.1.1.1 第三节 核酸序列分析常用软件及实际应用
  • 7 第六章  蛋白质序列信息分析
    • 7.1 第一节 蛋白质序列基本信息分析
      • 7.1.1 第二节 蛋白质结构分析
        • 7.1.1.1 第三节 蛋白质功能分析
          • 7.1.1.1.1 第四节 蛋白质序列信息分析实际应用实例
  • 8 第七章  蛋白质组学
    • 8.1 蛋白质组学
  • 9 第八章  分子进化与系统发育分析
    • 9.1 分子进化与系统发育分析
  • 10 第九章  生物信息学与人类复杂疾病
    • 10.1 第一节 生物信息学与人类复杂疾病
    • 10.2 第二节 考核评价与权重比例
第一节 核酸序列基本信息分析

1.课前准备

(1) 熟悉课程教学大纲,对课程的讲授内容和方式有较好的理解;

(2) 加强课程的网络资源库建设;

(3) 收集本次教学活动中拟采用的案例。

1.1课外学习评价

针对上次要求巩固、拓展的学习内容,要求学生掌握常用生物信息中心浏览及查询应用;数据查询应用;PUBMED使用应用;相似性搜索应用;双序列比对应用;序列的点阵分析应用;序列比对常用软件及其应用。对要求课前预习的内容进行预习。

1.2教学方案设计

(1) 回顾上次课程的主要内容;

(2) 本次课程的重点和难点:核酸序列检索;分子质量、碱基组成、碱基分布、序列转换、核酸序列基本分析;序列变换;限制性酶切分析;克隆测序分析;测序中载体序列的识别与去除;核酸序列拼接;核酸序列的电子延伸;开放阅读框(ORF)分析;基因组序列编码区/内含子结构分析;CpG岛分析;cDNA和Genomic DNA比对;基因启动子分析;引物设计;密码子偏好性分析;序列提交。

(3) 教学手段主要是借助PPT和讲义完成教学内容;

(4) 教学过程中结合学生情况举出一些案例;

(5) 通过课程论文和课堂讨论来检查教学目标的完成情况。

2.课内教学

2.1教学内容

主要教学内容有:

(1)核酸序列检索

(2)分子质量、碱基组成、碱基分布、序列转换、核酸序列基本分析

(3)序列变换

(4)限制性酶切分析

(5)克隆测序分析

(6)测序中载体序列的识别与去除

(7)核酸序列拼接

(8)核酸序列的电子延伸

(9)开放阅读框(ORF)分析

(10)基因组序列编码区/内含子结构分析

(11) CpG岛分析

(12) cDNA和GenomicDNA比对

(13)基因启动子分析

(14)引物设计

(15)密码子偏好性分析

(16)序列提交

对于基本概念性的问题以讲授为主,对于基本技能方面的可以通过学生讨论的方式进行,要求学生达到举一反三的目的。

主要包含的知识点有:核酸序列检索;分子质量、碱基组成、碱基分布、序列转换、核酸序列基本分析;序列变换;限制性酶切分析;克隆测序分析;测序中载体序列的识别与去除;核酸序列拼接;核酸序列的电子延伸;开放阅读框(ORF)分析;基因组序列编码区/内含子结构分析;CpG岛分析;cDNA和Genomic DNA比对;基因启动子分析;密码子偏好性分析

2.2 教学方法:

讲授+启发式+讨论式

2.3 课内小结:

通过本章学习,使学生能够掌握核酸序列检索;分子质量、碱基组成、碱基分布、序列转换、核酸序列基本分析;序列变换;限制性酶切分析;克隆测序分析;测序中载体序列的识别与去除;核酸序列拼接;核酸序列的电子延伸;开放阅读框(ORF)分析;基因组序列编码区/内含子结构分析;CpG岛分析;cDNA和Genomic DNA比对;基因启动子分析;引物设计;密码子偏好性分析;序列提交。对课堂上积极回答问题的学生提出表扬,最后要求学生预习下次课的主要内容。

3.课后巩固与拓展

(1) 将本章的知识点自己编成测试题,记在笔记本中;

(2)预习下节课的主要内容;

(3)查阅学习专业相关的文献资料。

4.单元(章)考核与评价

本章内容的考核方式为提交课程作业/课下复习本章节知识要点/预习下一章节学习内容,要求学生掌握核酸序列检索;分子质量、碱基组成、碱基分布、序列转换、核酸序列基本分析;序列变换;限制性酶切分析;克隆测序分析;测序中载体序列的识别与去除;核酸序列拼接;核酸序列的电子延伸;开放阅读框(ORF)分析;基因组序列编码区/内含子结构分析;CpG岛分析;cDNA和Genomic DNA比对;基因启动子分析;引物设计;密码子偏好性分析;序列提交。

本章内容的评价权重为6%,过程评价促进学生学习积极主动性的提高,增强学生自主学习能力。其中课后习题、在线考核占3%,期末考试测试占3%。

考核方式与权重比例列表

                       

 

考核方式

 
 

评价权重

 
 

备注

 
 

课后习题、在线测试

 
 

6%

 
 

在线测试要求学生课堂内完成

 
 

期末考试

 
 

3%

 

 

合计

 
 

3%