1.课前准备

(1) 熟悉课程教学大纲，对课程的讲授内容和方式有较好的理解；

(2) 加强课程的网络资源库建设；

(3) 收集本次教学活动中拟采用的案例。

1.1课外学习评价

针对上次要求巩固、拓展的学习内容，掌握核酸数据库搜索；蛋白质数据库搜索；FASTA搜索策略；有空位对准的BLAST程度与位置特异的迭代BLAST程序； BLAST 软件系列的使用。对要求课前预习的内容进行预习。

1.2教学方案设计

(1) 回顾上次课程的主要内容；

(2) 本次课程的重点和难点：序列比对的概念、序列比对的分类、Needleman-

Wunsch 算法、Smith-Waterman 算法。

(3) 教学手段主要是借助PPT和讲义完成教学内容；

(4) 教学过程中结合学生情况举出一些案例；

(5) 通过课堂提问、课程论文来检查教学目标的完成情况。

2.课内教学

2.1教学内容

主要教学内容有：

(1) 序列比对引言、序列比对的概念和进化理论基础

(2) 生物序列之间的关系、序列比对的分类

(3) 序列比对的基础

Ø 字母表和序列

Ø 编辑距离（Edit Distance)

Ø 序列比对的打分矩阵

Ø 空位罚分体系

（4）双序列比对算法

Ø  Needleman-Wunsch算法

Ø  Smith-Waterman算法

Ø  Karlin-Altchul统计方法

Ø  替换矩阵

对于基本概念性的问题以讲授为主，对于基本技能方面的可以通过学生讨论的方式进行，要求学生达到举一反三的目的。

主要包含的知识点有：（1）序列比对的概念；(2)序列比对的分类；(3)Needleman-Wunsch 算法；(4)Smith-Waterman算法。

2.2 教学方法：

讲授+启发式+讨论式

2.3 课内小结：

通过本章学习，使学生能够掌握序列比对的概念、序列比对的分类、Needleman-

Wunsch 算法、Smith-Waterman 算法。对课堂上积极回答问题的学生提出表扬，最后要求学生预习下次课的主要内容。

3.课后巩固与拓展

(1) 将本章的知识点自己编成测试题，记在笔记本中；

(2)预习下节课的主要内容；

(3)查阅学习专业相关的文献资料。

4.单元（章）考核与评价

本章内容的考核方式为提交课程作业/课下复习本章节知识要点/预习下一章节学习内容，要求学生掌握序列比对的概念、序列比对的分类、Needleman-Wunsch 算法、Smith-Waterman 算法。

本章内容的评价权重为6%，过程评价促进学生学习积极主动性的提高，增强学生自主学习能力。其中课后习题、在线考核占3%，期末考试测试占3%。

考核方式与权重比例列表