马其顿王朝的开国皇帝巴西尔一世堪称第二个查士丁尼,在他和其他马其顿王朝皇帝的统治下,拜占庭帝国在9、10和11世纪初达到了它的顶峰。在这段被称为“黄金时期”的几个世纪里,拜占庭帝国抵抗了罗马教廷撤销佛迪奥斯为教主的要求,获得亚得里亚海的制海权,占领了意大利的一部分和保加利
亚的大部分。1014年巴西尔二世(保加利亚屠夫)打败了保加利亚人,并于1018年彻底灭亡了第一保加利亚王国。同时拜占庭帝国还获得了一个新的同盟者(不过有时也是敌人):在基辅的俄罗斯国为拜占庭提供了一支重要的雇佣军。
但如其前身的罗马帝国,拜占庭很快又陷入困境。主要原因是当时许多占有土地的贵族打乱了军区的制度。假如拜占庭帝国只需要对付它的旧敌神圣罗马帝国和阿拉伯的阿拔斯王朝的话它可能还可以支持下去,但新的敌人根本不怕它的名誉:诺曼人征服了意大利,而突厥进入了小亚细亚。突厥当时最大的敌人是埃及,而小亚细亚则是拜占庭帝国士兵的主要来源地。1071年在曼齐刻尔特会战中罗梅纳斯四世被突厥苏丹阿尔普·阿尔斯兰战败,拜占庭帝国从此失去了小亚细亚省。1054年,东正教(希腊正教)与天主教彻底决裂。
事情起因于教皇利奥九世执意任命一名西西里出生的主教执掌东方教会。此举招致整个东部教会的不满。牧首米哈伊尔.塞鲁拉利乌斯大怒,下令关闭国内所有西方教堂,驱逐其神职人员。
教皇此时又派遣红衣主教亨伯特作为特使与东部教会进行会晤,然而此次谈判最终宣告破裂,亨伯特于1054年7月在圣索菲亚大教堂下达了由教皇签署的开除教籍令。不久,牧首召集宗教会议,宣布开除罗马代表们的教籍。
至此,长期对立的东西方教会彻底分裂,再未弥合,对此后的历史造成了深远影响。