康熙朝
清朝平定三藩后进入康雍乾时期,这段时期人类渡过小冰期,太阳活动也趋于正常,加上明代引进的新大陆高产作物发酵,成为清朝发展的高峰时期,中国大陆史学界通常称为康雍乾盛世。康熙帝为政宽仁,留心民间疾苦,在他亲政不久后,便宣布停止圈地,放宽垦荒地的免税年限。他还着手整顿吏治,恢复京察、大计等考核制度。受康熙帝的“滋生人丁,永不加赋”政策以及外来农作物的引进等影响,清朝人口大大提升。他先后任用靳辅和于成龙治理黄河与大运河,得到很大的成绩。在他六次南巡期间,考察民情习俗之外,更是亲自监督河工。康熙中期以后,因战乱而遭到严重破坏的手工业逐步得到恢复和发展。为安定社会秩序,他颁行十六条圣谕,要地方人士循循告诫乡民。他又派心腹包衣(即家奴)如曹寅、李熙等人打探地方物价、人民收入与官绅不轨之事,并以密折奏报。此即密折制度的萌芽,到雍正时期趋于完善。康熙帝重视对汉族士大夫的优遇,他多次举办博学鸿儒科,创建南书房制度,并且向来华传教士学习西方科学与文化。
初蒙古分为四大部。其中准噶尔汗国与沙俄友好,其可汗噶尔丹先灭领叶尔羌汗国与青海和硕特,又占领喀尔喀蒙古,喀尔喀三部南下投靠清朝。康熙帝首先派萨布素于雅克萨战役驱除入侵黑龙江的沙俄军队,与沙俄所签订的尼布楚条约以确立东北疆界并获得沙俄的中立。接着于1690年至1697年间乌兰布通之战与三征噶尔丹使噶尔丹战死,创立多伦会盟以保护喀尔喀蒙古。

青藏地区的和硕特汗国协助黄教达赖五世击败红教统一全藏,之后分裂成青海与西藏和硕特。达赖六世时,藏区政事交由第巴(理事大臣)桑结嘉错管理,他联合准噶尔对抗西藏和硕特的拉藏汗,拉藏汗先下手杀桑结嘉错并废除达赖六世。1717年噶尔丹的侄子策妄阿拉布坦入侵西藏,攻杀拉藏汗,并且占领拉萨。清军与准军多次交战,最后于1720年由胤禵率军驱除成功,协助达赖七世入藏,以拉藏汗旧臣管理藏区。
康熙晚期,由于官员薪资过低以及法律过宽,导致官吏贪污,吏治败坏。此外,为消除士大夫的民族意识,对其言论管控趋于严格,并发生南山案文字狱事件,到雍正与乾隆时期这种情况加重。康熙帝本来按照中国立嫡立长的传统封胤礽为太子,由于太子本身的素质问题及其在朝中结党而废太子,使得诸皇子为皇位互相结党倾轧。故太子一度复立,但康熙帝仍无法容忍其结党而废除。最终在1722年临终时传位于胤禛,即雍正帝。
雍正朝
雍正帝获得隆科多的协助继位,赖年羹尧平定青海乱事以稳固政局,然而后来因故赐死年羹尧、幽禁隆科多。雍正帝在位时期,针对康熙时期的弊端采取补救措施,以延续康雍乾盛世。他设置军机处加强皇权,废杀与他对立的王公并削弱亲王势力。注重皇子教育,采取秘密立储制度以防止康熙晚年诸皇子争位的局面再度发生。将丁银并入地赋,减轻无地贫民的负担。为解决地方贪腐问题使火耗归公,耗羡费用改由中央政府计算;设置养廉银以提高地方官员的薪水。
对外方面,雍正初年青海亲王罗卜藏丹津意图复兴和硕特汗国而乱,隔年年羹尧与岳钟琪等人平定。为此雍正帝占领部分西康地区,又在西宁与拉萨分置办事大臣与驻藏大臣以管理青藏地区。听从鄂尔泰建议推行改土归流,废除具自治性质的土司,以地方官管理少数民族。将喀尔喀蒙古并入清朝;于1727年与沙俄签订恰克图条约,确立塞北疆界。1729年听从张廷玉建议,以傅尔丹与岳钟琪兵分二路于科布多对抗准噶尔汗噶尔丹策零,最后于和通泊之战战败。1732年噶尔丹策零东征喀尔喀蒙古,兵至杭爱山,被喀尔喀亲王策棱击败。1734年清准和谈,以阿尔泰山为界,西北大致和平。
雍正帝勤于政事,自诩“以勤先天下”、“朝乾夕惕”。他在位期间的奏折大多由他亲自批改,军机处的谕旨也由他再三修改。他所亲信的内外臣僚如张廷玉、鄂尔泰、田文镜与李卫等人也都以干练、刻覆著称。他所派遣的特务遍即天下以监控地方事务,密折制度至此完善,然而屡兴文字狱箝制言论自由。1735年雍正帝于工作时去世,其子弘历继位,即乾隆帝。