早期制度学派反对古典学派的孤立个人行为的分析方法，但是他们还没有提出整体概念，并用以阐述制度运行中各个相关因素的相互联系与相互作用。这一时期制度经济学则注意分析整体制度对社会经济发展的作用，主张从根本上刷新主流经济学的方法论基础。他们认为，由于技术不断变革，资本主义经济制度和社会结构处于不断演变的过程中，资本主义制度是一个“因果动态过程”，所以经济学必须研究变化，研究过程，而不是研究静止的横断面。这就是说，对经济问题的研究要用把注意力从作为选择者的个人和企业，转移到作为演进过程的整个社会。他们提出，从经济学上讲，经济整体要大于经济各个组成部分的简单总和，所以研究经济问题应当注重对“总体”和“整体”的研究，而不能循着相反的道路，即先研究各个组成部分，然后再来加总。加尔布雷思强调，只有把现代经济生活当作一个整体考察，才能更清楚地揭示经济运行的规律。这是制度经济学在方法论方面的第二个显著特点。

加尔布雷思的整体概念的内涵十分丰富，甚至已不再是一个经济概念，它往往不能用数字来表达。比如，他提出的“大公司的权力”，就是一个整体概念。它既包括经济权力，又包括政治权力，因而不能用数字来计量。因此，这一时期的制度经济学反对主流经济学所采取的数量分析，而强调整体制度因素的分析。加尔布雷思认为，宏观经济学只注意总需求水平的调节，微观经济学只注意成本和价格的形成，却恰恰遗漏或忽视了社会的制度结构问题，即权力分配问题。应当说，整体大于个体的简单加总，这无论在哲学上、逻辑上还是事实上，都是成立的。但问题并未到此为止。更重要的事实是，“个体加总”总是构成“整体”的主体部分，两者的差异可能是重要的，但一定不是主要的。一般地讲，个体的特征是整体特征的集中反映，个体的性质决定了整体性质的主要方面或基本方面。因此，既要注重整体主义方法论，也不应当丢弃个体主义的方法论，对个体的研究往往可以构成整体研究的基础和前提。本文后面的分析将要说明，科斯看到了加尔布雷思过分强调整体主义方法论的偏颇，而将制度经济学研究引向以个案为基础的小样本研究，在方法论方面呈现出微观化、具体化的倾向。

制度学派的研究从一开始就是与价值判断密切相关的。早期制度学派认为，国民生产总值作为经济价值，只是社会价值中的一种而不是全部。

除此以外，社会价值还应该包括社会平等、生态平衡、人们对闲暇时间的追求等等。加尔布雷思更提出了“整体制度目标”的概念，他把整体制度目标分为经济价值目标和文化价值目标，而社会追求的公共目标就是经济价值和文化价值综合起来的“生活质量”。这一时期制度学派提出的价值判断标准，既反映了从凡勃伦以来的早期制度主义的一贯想法，更加突出地采用了包括伦理学等学科的研究方法。这是制度经济学在研究方法论方面第三个显著特点。

科斯在制度分析中引入边际分析方法，建立起边际交易成本概念，为制度经济学的研究发展开辟了新领域。诺斯曾经说，有了“交易成本”这个发现，我们才找到了解释制度存在和制度变迁的方式，才使我们可以解释整个经济在体制上的变化。比如，我们运用“交易成本”概念可以理解制度为什么会存在，制度是怎样发生变化的，人们为什么以及怎么样采用更经济的方式来组织生产和交换活动等。他说，有了“交易成本”的概念，制度经济学才称得上是“新”的。笔者认为，由于引入边际分析方法，运用边际交易成本作制度分析，科斯以后的制度经济学较之先前的制度经济学，在方法论上不再是与主流经济学相对立或渐行渐远，而是呈现出“合流”或“融合”的倾向。如果说，以加尔布雷斯为代表的制度学派对早期的制度学派，在研究方法方面进行的拓展还只是量的发展和扩大的话，那么科斯对制度经济学研究方法的发展，就具有了革命性和方向性的改变。也许，这就是诺斯把科斯以后的制度经济学称为“新制度经济学”的原因。科斯认为，古典经济学和新古典经济学的重大理论缺陷是没有专门的制度理论。在他们那里，尽管政治、法律、货币、习俗等制度形式，对经济体系的作用或多或少都得到认可，但是，这些传统的研究要么假定制度是外生给定的，或者假定制度不影响经济绩效，如新古典经济学；要么假定制度可以无成本地运行，或者没有专门对制度运行成本进行分析，如斯密、马克思的古典制度分析和凡勃伦、米切尔、康芒斯等的旧制度经济学。科斯强调，要解释经济现象、经济行为和经济关系，就必须研究对它们产生影响、支配或约束作用的制度安排。应当说，科斯并不是第一个注意研究交易背后权利关系的人，斯密、马克思或者更早的思想家就已经研究过这些问题，但科斯却是第一个通过引入边际分析方法，通过分析边际交易成本，解释了现实制度的内生化及其对经济绩效的影响。这是制度经济学在方法论方面的第四个显著特点，也是一个重要的转折性发展。

制度经济学在中国改革一开始就引起我国学者的注意，并用来分析中国经济现象，以期为中国的改革找到理论依据。我国经济学家对制度经济学的关注是从所有权开始的。我国的国企改革刚开始是沿着两权分离的思路进行的，随着改革的深入，我国学者开始研究在我国建立现代公司制的问题，产权才进入我国大部分经济学家的视野，而产权是新制度经济学的核心概念之一。新制度经济学和旧制度经济学虽然都重视制度对经济效率的影响，但二者仍然有区别：旧制度经济学对经济问题的分析主要是从法律、文化等逻辑的角度分析；而新制度经济学由于引进了“交易费用”的概念，将制度问题纳入古典经济学的分析框架，进而使得用制度因素对经济问题的分析可以实现形式化、模型化。有人认为，经济学中交易费用的发现就像物理学中摩擦力的发现一样，使得经济学理论更加接近经济现实。虽然在制度交易费用大小的衡量上还没有找到可以量化的、切实可行的方法，但制度分析方法在解释经济现象方面已经显现了力量。我国学者在这一方面已经作了许多研究，对一些经济现象做出了有说服力的解释。

新制度经济学认为制度就是规则，不是我们传统意义上所理解的政治或经济的制度，传统上所理解的制度是政治或经济体制意义上的。制度这一概念是在“规则” 这一意义上被制度经济学家使用的。新制度经济学家把制度分为正式制度和非正式制度。正式制度是指人们有意识创造出来并通过国家等组织正式确立的成文规则，包括宪法、成文法、正式合约等；非正式制度则是指人们在长期的社会交往中逐步形成、并得到社会认可的一系列约束性规则，包括价值信念、伦理道德、文化传统、风俗习惯、意识形态等。正式制度具有强制性、间断性特点，它的变迁可以在“一夜之间”完成。而非正式制度具有自发性、非强制性、广泛性和持续性的特点，其变迁是缓慢渐进的，具有“顽固性”。在生活中，正式制度只占整个社会约束的小部分，人们生活的大部分空间还是由非正式制度来约束的。用非正式制度可以解释我国社会生活中的许多现象，因为我国传统上是一个伦理社会，缺乏契约传统，伦理文化因素在社会生活中起着十分重要的作用，渗透在社会生活的各个方面。

制度可以说是人类追求一定社会秩序的结果，人们力图通过这些制度为自己的生活构建一个稳定的空间。在正式制度的构建中，人类充分运用自己的理性来努力地把握未来。非正式制度可以说是人类社会的原发性规则。正是通过非正式制度，人们构建了法律出现以前的社会，在这个社会中人们依靠风俗习惯、道德、意识形态构建了社会秩序。法制社会与伦理社会相比，是后出现的。社会发展趋势是，人们尽可能地把原来属于非正式制度的社会规范转化为正式的法律规范，使其在规范人们的行为方面具有更大的强制力，使人们在实际生活中有更为明确的规则可以遵循。制度对经济发展的影响越来越引起人们的重视，为了提高经济效率，人们不断地反思已有制度存在的缺陷并加以修正。

“制度”这个概念的使用率愈来愈高，大量的制度经济学著作被译介到我国，在我国已成立了多家制度经济学研究中心，并定期举办制度经济学年会，制度经济学必将在我国的经济体制改革中发挥越来越重要的作用。我们期待，借助制度经济学和其他相关学科的滋润，在解决社会经济体制改革面临的重大问题的过程中，中国能出现自己的经济学说。