环境保护署：其职责包括发放污染排放许可证、制定国家饮用水标准、出台有关规定帮助各州制定水质标准、管理州资助项目以补贴兴建污水处理厂的费用等。环保署在全国设有十个区域性办事处。每个办事处的管辖范围包括几个州以及一个或几个横跨几个州的流域。相对于辖区范围内的各州而言，区域办事处的职权包括批准州政府制定的规章和标准、审批联邦政府划拨的水务资金的使用。

陆军工程兵团：从预算角度来说，这是联邦政府最重要的水资源开发机构，它负责防洪及洪水冲积平原管理、供水、航运、水力发电、海岸线保护和水上游乐等项目。

美国地质调查局：该局隶属于美国内政部，负责对全国水资源的质量、数量及使用情况进行评估。垦务局负责在西部各州提供市政和灌溉用水并经管水力发电设施。

鱼类和野生动植物管理局：该局隶属于美国内政部，是联邦政府主管鱼类和野生生物及其栖息地保护的主要机构，负责保护濒危物种、淡水及濒危鱼类、某些海洋哺乳动物和候鸟。它管理着700处国家级野生生物保护区，还负责对水电拦河坝、运河开凿以及疏浚和填埋等活动的环境影响进行评估。

水土保持局：该局隶属于美国农业部，其职责包括：协助农民制定水土保持计划，与其他机构合作对实施水土保持措施的资金做安排，就农药和化肥的使用以及土地管理向农民提供建议，还负责诸如“湿地保护计划”、“小流域计划”之类的水资源改善项目。

国家海洋与大气管理局：该局隶属于商务部，负责沿海地区的流域管理、非点源污染以及渔业管理。

联邦能源监管委员会：该委员会隶属于能源部，负责颁发水电项目建设许可证、提出环境质量保护措施等。

州级管理机构：根据美国宪法，各州政府对于其辖区内的水和水权分配、水交易、水质保护等问题拥有大部分的权力。美国州一级政府建立了相当健全的水资源管理机构。

州际管理机构：流域委员会。为了解决跨州的水资源管理问题，美国建立了一些基于流域的水资源管理委员会。这些委员会是法律实体，而不是纯粹的行政机构。范围覆盖特拉华、新泽西、宾夕法尼亚和纽约等州的特拉华流域委员会以及覆盖马里兰、弗吉尼亚、宾夕法尼亚等州和哥伦比亚特区的切萨皮克湾委员会便是两个典型代表。这两个委员会是联邦政府倡导成立的。委员会的成员包括有关州的州长以及一名联邦政府的代表。特拉华委员会中的联邦代表是由总统委任的，而切萨皮克湾委员会中的联邦代表则是美国环保署署长。这样可以确保委员会在包括制定政策法规在内的相关事务方面拥有充分的权力。

美国在水资源管理方面制定了很多法律法规和政策，其中，不少体现了系统化的整体管理思路，为水资源的综合管理提供了制度基础。

《清洁水法》：该法颁布于1972年，是美国保护水质的框架性法律，为管理水污染物排放确立了基本的架构。该法所做的政策规定涉及的内容包括：禁止有毒污染物排放，联邦政府为兴建公共废水处理设施提供财政支持，确定并实施针对各州污染源的处理、管理和规划程序，努力开展研究和示范工作以开发必要的技术来消除排入航运水道和海洋中的污染物，制定和实施非点源污染控制计划。此外，该法还重申，各州享有对辖区内的水资源进行分配的权力。

在《清洁水法》的总体框架下，美国政府制定了一系列重要的政策措施，主要包括：

日最大负荷总量限制：早在1972 年，《清洁水法》中就有条款规定了最大日负荷总量，即对排入各水体中的污染物总量设定一个最高界限。该条款要求各州列出通过现有污染控制措施尚不足以使其达到相应水质标准的水体名录，并确定其点源与非点源污染物的日最大负荷总量。现行的日最大负荷总量限制计划是根据1992 年的有关规章制定的，它包括三个关键部分：点源排放的废水负荷分配、非点源的负荷分配以及安全边际。根据法律规定，由州、准州管区或者自治部落上报的名录以及日最大负荷总量须经环境保护署批准或否决。如果所报内容不完整，环境保护署必须确定名录或日最大负荷总量。

水质管理规划：美国联邦规制第40 篇第130 章规定了流域管理原则以及水质管理规划的内容，日最大负荷总量限制便是其中之一。

非点源控制计划：2003 年，美国环保署根据《清洁水法》第319 节的内容为各州和准州管区制定了新的非点源控制计划和资助方针。该文件建议，只要在可行的情况下，都要制定和实施以流域为单位的项目计划，无论这种项目是保护未被污染的水体，还是恢复被污染的水体，或者是兼而有之。新的资助方针规定了基于流域的非点源控制计划必须包含的内容，包括：（1）确定需要控制的污染源及其原因；（2）估算采取管理措施后可能削减的污染量；（3）确定为达到预期削减量需采取的非点源管理措施；（4）估计实施非点源控制计划需要的技术和资金支持、相关成本以及有关管理机构；（5）提供有关信息和教育培训，以提高公众对该项目的认识，鼓励其尽早参与；（6）制定一份实施非点源管理措施的合理的时间表；（7）为评估非点源管理措施的执行情况和进度确定可衡量的标准；（8）明确用以评价实施效果的监测措施。

除《清洁水法》外，还有其他一些法律和政策对美国水资源管理也具有重要影响。主要包括：

《安全饮用水法》：该法律最初由美国国会于1974 年通过，后来分别在1986 年和1996年进行了两次修正。其目的是要通过对全国饮用水供给进行管理来保证公众健康。该法授权美国环保署制定安全饮用水标准，以防止天然和人工污染物进入饮用水中。

《濒危物种法》：该法案由美国鱼类和野生动植物服务局授权于1986 年颁布，它要求各州为河流确定一个最低流量标准，以保护特种鱼类和整个环境。这项法律对灌溉、水电、航运以及类似的项目具有重要影响。